Entre los años de 1970 y 1971, los misioneros Otis Pinkston y Samuel Hornbrook iniciaron el trabajo misionero a través de un estudio biblico acerca del evangelio de Juan. Dicho estudio era impartido a dos personas que vivían en la colonia Cazones.

En el año de 1971 se iniciaron los cultos de predicación los domingos por la noche en la sala de la casa donde vivían los hermanos Pinkston. Para el 3 de Octubre de 1971, catorce personas fueron bautizadas en las inmediaciones del río Cazones. Ese día se convirtieron en los miembros fundadores al firmar el pacto del compañerismo Bautista Emanuel, y de esta manera quedó organizada lo que hoy día es la Iglesia Bautista Emanuel de Poza Rica.

A finales de 1971, los hermanos comenzaron a reunirse los días miércoles por la tarde para celebrar la reunión de oración. Esta asamblea se realizaba en una pequeña bodega ubicada en la parte posterior de la casa de los hermanos Pinkston. Este fue el lugar de reunión hasta el 7 de Octubre de 1973, año en el que se compró un terreno en la calle Jalisco, entre Querétaro y Baja California. En este lugar se construyó una pequeña galera de madera, tela ciclón y láminas de cartón.

Para el año de 1993 la iglesia continuó creciendo, por lo que ese mismo año, el grupo de creyentes ya establecido se constituyó como Asociación Religiosa, en cumplimiento de las leyes civiles y la responsabilidad delante de las autoridades locales.

Al rededor del año de 1995, se inició la construcción del primer nivel de las instalaciones de la iglesia, y posteriormente se continuó con el segundo nivel del edificio. Cinco años más tarde se realizó la compra de la casa de la esquina, mejor conocida como «La Casita», que ahora funciona como las oficinas de la Iglesia y el Colegio. Desde Mayo del 2004 hasta el año 2005 se realizaron trabajos de ampliación hasta tener el edificio como se ve el día de hoy.

En el año 2008, el pastor Iván Bernal llegó a la iglesia como pastor de jóvenes, hasta el 2011 cuando fue nombrado el pastor titular. Desde entonces, trabajó en conjunto con el pastor Samuel Hornbrook, siendo este último el pastor consejero de la Iglesia. En Enero del 2013 el pastor Ernesto Mendoza llegó al ministerio de la Iglesia como colaborador y pastor de jóvenes. En ese mismo año, el pastor Jaime Escalante se añadió al grupo de pastores después de haber servido con su familia desde el 2011 en la misión de Gutiérrez Zamora.

El Señor comenzó a bendecir a la iglesia con nuevos ministerios como el del instituto Bíblico, la Academia de Música y el Campamento Juvenil. En Agosto del 2015 dio inicio el ministerio de educación cristiana, el Colegio Juan Gutenberg. Ese año se iniciaron actividades a nivel preescolar, integrando posteriormente el nivel de primaria.

Por cuestiones de salud, en el año 2019 el pastor Samuel Hornbrook tuvo que regresar a los Estados Unidos, en donde actualmente se encuentra disfrutando de la compañía de su familia. El pastor Samuel ha dejado un legado de amor al Señor y fidelidad a la obra. Ha sido usado grandemente por Dios en la visión Bíblica y cristocéntrica que la Iglesia tiene actualmente. Así mismo, la iglesia Bautista Emanuel ha crecido con una visión misionera, fundando obras y estableciendo iglesias en Poza Rica y sus alrededores. Hoy en día se mantienen las misiones de Cazones, Paso de Valencia, Agua Dulce y Gutiérrez Zamora.

Damos gracias al Señor por su fidelidad y gracia en estos 50 años de historia. Estamos seguros que el que comenzó la buena obra, la perfeccionará hasta el día de Jesucristo.